明代佛寺总平面追求完美的轴线对称与深邃的空间层次，如原来的山门演化为前有金刚殿，后有天王殿，成了两进建筑；中轴线上佛殿增至二进或三进，如明南京天界寺有正佛殿、三圣殿、毗卢殿，三殿前后对应；山门内左右对称配置钟楼与鼓楼，佛殿前左右对称配置观音殿和轮藏殿等，都是明代佛寺布局的新特点。
砖拱建筑在明代佛教建筑中找到了发展的天地。由于《大藏经》屡次由皇家颁赐，藏经用的防火建筑成了一时的迫切需求，于是用砖拱建造的无梁殿建筑应运而兴。明代无梁殿遗留至今的还有十余处，著名的有南京灵谷寺无梁殿、太原永祚寺无梁殿、峨眉山万年寺无梁殿、五台山显通寺无梁殿、句容宝华山无梁殿、苏州开元寺无梁殿等。
江苏南京灵谷寺无梁殿内景
道教建筑在元明时期也有所发展。现存建于元代的山西省芮城县永乐宫是道教建筑的重要遗例，宫中龙虎殿、三清殿、纯阳殿、重阳殿中的大面积壁画，精美绝伦，在中国绘画史上占有重要地位。明代的道教建筑则以永乐皇帝在湖北武当山所建的道教宫观群最为宏伟。
山西芮城永乐宫主殿三清殿
永乐宫壁画描绘吕洞宾引渡何仙姑、曹国舅等人入道的情形
新疆地区一些少数民族信仰伊斯兰教。元明时期，伊斯兰教的礼拜寺、玛札（圣者之墓，穆斯林晋谒之所）等建筑先后兴建于新疆各地。穹顶技术和琉璃饰面技术在伊斯兰教建筑上得到广泛应用。元代遗存的玛札以伊犁霍城的秃忽鲁克·帖木尔汗玛札最有代表性（该玛札建于1363～1364年，是新疆第一位皈依伊斯兰教的蒙古汗陵墓）。建于公元1422年的喀什艾提尕清真寺是新疆最大的伊斯兰礼拜寺。而中原地区清真寺，有的在建筑平面式样、材料等方面受到汉式建筑的影响，因而具有汉式风格，如陕西西安化觉巷清真大寺。
陕西西安化觉巷清真大寺内的建筑
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