新冠肺炎、流感、SARS都是由病毒侵袭人类引起的疾病，中医学称之为瘟疫，我国有2000多年防治瘟疫的经验。近年来，随着医学界的深入研究，中药的广谱抗病毒作用得到了科学证实。连花清瘟防治新冠肺炎、流感等传染性疫病的良好疗效是由其深厚的中医理论根基、翔实的科学证据、广谱抗病毒的特性所决定的，是我国中医药抗疫划时代的重大成果。
连花清瘟是汇聚三朝名方，创造性融合为一个创新药物，它可以发挥卫气同治，表里双解；先证用药，截断病势；整体调节，多靶治疗等作用。
该药运用中医络病理论探讨外感温病及瘟疫传变的规律及治疗，融汇汉代张仲景《伤寒论》中专治疫病的麻杏石甘汤、清代吴鞠通《温病条辨》中专治疫病的银翘散化裁和明代吴又可《温疫论》治疫证用大黄经验，是三朝名医治疗疫证的用药精华，对疫病发热、咳嗽、喘促用药，具有良好的退热、止咳、抗炎、抗病毒作用。组方中添加的红景天，可以提高人体抗疲劳、耐缺氧能力，应对新冠肺炎普遍表现的乏力、气短、血氧含量低造成的多脏器损害，提高抗病能力与康复能力。这在现代其他治疗外感热病，如感冒、流感、新冠的中成药中是没有的。
近年来，针对新冠病毒、甲型H1N1流感病毒、SARS病毒等传染性强的病毒，连花清瘟开展了系统性的实验与临床研究，通过系列科学研究证实其良好确切的广谱抗病毒作用，起点高，应用面广。
2003年SARS疫情肆虐，中国军事医学科学院P3实验室研究发现，连花清瘟可有效抑制SARS病毒。2009年甲型H1N1流感大流行，首都医科大学附属北京佑安医院联合九家甲型流感收治医院，开展了“连花清瘟治疗甲型H1N1流行性感冒”的循证医学研究，结果显示连花清瘟在抗病毒作用方面与奥司他韦没有差异，在缓解流感症状方面优于奥司他韦。
自2019年底新冠肺炎发生以来，国内很多科研院所开展了一系列连花清瘟防治新冠肺炎、预防转重症方面的基础和临床研究。广州呼吸健康研究院、呼吸疾病国家重点实验室在国际药理学界主流期刊《药理学研究》发表的《连花清瘟对新冠病毒具有抗病毒、抗炎作用》研究证实，连花清瘟通过抑制病毒复制、抑制宿主细胞炎症因子表达，从而发挥抗新冠病毒活性的作用。最新研究还发现，无论是对Alpha、Beta，还是Delta等变异株，连花清瘟都显示了稳定的体外抗病毒作用。
论文《连花清瘟对新型冠状病毒具有抗病毒、抗炎作用》被国际期刊《药理学研究》评选为2019-2020年度全球优秀论文奖
发表在欧洲权威杂志《植物医学》的“中药连花清瘟胶囊治疗新型冠状病毒肺炎前瞻性、随机、对照、多中心临床研究”结果显示，在常规治疗基础上联合应用连花清瘟口服14天可显著提高新冠肺炎发热、乏力、咳嗽等临床症状的改善率，明显改善肺部影像学病变，缩短症状持续时间，提高临床治愈率，缩短核酸转阴时间，遏制新冠病情恶化，在减少转重型比例方面显示出良好趋势。
近期，由一篇“连花清瘟预防新型冠状病毒肺炎”研究论文被国际学术期刊《循证补充和替代医学》刊发，从真实世界研究角度证明了新冠密切接触者使用连花清瘟可有效降低核酸检测阳性率和发热症状的发生率，并具有良好的安全性。最近天津散发疫情时，有关专家指出，连花清瘟对于奥密克戎变异株的治疗同样取得了良好效果，获得了宝贵的临床应用经验，并建议推广应用于奥密克戎的疫情防控中。
连花清瘟是“三方三药”应用最广的药物。新冠肺炎疫情发生以来，先后被国家卫健委和国家中医药管理局联合发布的《新型冠状病毒肺炎诊疗方案》（试行第四/五/六/七/八版）及20余个省市的新冠肺炎诊疗方案推荐，2020年4月国家药品监督管理局批准连花清瘟用于“新型冠状病毒肺炎轻型、普通型”的治疗。2020年疫情期间，湖北省、黑龙江省等多省市将连花清瘟作为储备用药，国家工业和信息化部将其列为疫情防控重点保障物资。
连花清瘟不仅在国内抗疫中发挥了重要作用，而且为海外抗疫提供了中国方案，获得了海外的一致赞誉。截至目前，连花清瘟已在巴西、菲律宾、印度尼西亚、加拿大、柬埔寨等近三十个国家和地区获准上市，是中药进入国际抗疫前线的有效药物。
